本校於98學年8月正式改制為中華科技大學，為配合學校的發展及因應國家產業升級政策及營造終生學習社會的需要，本系將在現有基礎上，繼續充實師資與設備，改進二專部的教育，並於89學年度成立工程組，以培育具有工系背景的工業工程與管理人才，同時亦積極規劃後續學程，配合本校升格學院之計畫，成立工業工程與管理學系，並自90學年度起開始招收二技部學生，自91學年度起開始招收四技部學生，目前日、夜間部多以四技學制為主(二專及二技班次已相繼停招)，97學年度已奉准成立經營管理研究所招收碩士班學生。
此外，配合教育部推動的終生學習與回流教育政策，本校亦積極發展推廣教育及增設進修專科學校的科班，本系自88學年度起開設進修專校之工業工程與管理科二專部，未來將於進修學院開設二技班次，以招訓在社會及企業界任職而有志從事工業管理工作的青年，培養其管理技能，並計劃與工業區合作，與企業合作至工業區開辦建教合作在職專班，以進一步建立學校與企業界的人才培育夥伴關係。

中期目標

配合學校校外實習之相關辦法之擬定，訂定本系校外實習自二年級起辦理（大學部），利用寒暑假前往校外機構實習，以求證學以致用之效果。本系學生需實習三十天，實習滿三十天合計必修ㄧ學分。校外實習機構由本系推介或學生自行接洽，經系主任批准，以認同適合該生之實習。實習需寫心得報告，呈繳系主任評定分數，列入畢業成績。建教合作暨研究成果為本系研究發展重點之一。近年來，本系先後完成產學計畫47件，輔導企業界建立管理與電腦化制度，因而奠定本系建教合作的良好基礎。
配合學校專題製作之相關辦法之擬定，訂定本系專題製作辦法（大學部）。採用學生白天之服務機構相關之實務問題，成為在校之專題實務製作之題目。專題實務製作為一年之課程，每學期2小時1學分，列入畢業成績。課程結束時，並邀請該公司之相關主管及系上老師參與專題口試，以求證學以致用之效果。

長期目標

行政院經建會所公佈國內科技人力供需推估報告中，顯示目前我國將持續呈現中級人力過剩，但高級專業及管理與基層人力不足的現象，其明白指出至民國九十六年至一百年，工業工程大學以上程度人力仍屬供不應求，工業工程類供需差額約為百分之二十，因此本系預計九十八學年度增加碩士班之學制之教學。一○○學年度成立經營管理研究所碩士在職專班及經營管理研究所學分班。另強化兩岸學術交流。